Szovát már a neolitikus korban lakott hely volt. Ezt a Kotszegi kert melletti egykori főjegyző tanya területén ásás közben előkerült edények és eszközök valószínűsítik. Az eredeti település nem a mai helyen, hanem a Kotszegi kert keleti oldalán, a községtől DK-re, a Kösely bal partján volt.

A település neve - közvetve - III. Béla király jegyzőjétől, Anonymustól származik. Az ezen a területen élő őslakosságot a szlávok családjához tartozó bolgároknak írja, amit igazolni látszik a "szwat" név, ami magyarul helységet jelent. A honfoglaló magyarok a "szwat" szó kiejtését egy "o" magánhangzó betoldásával tették könnyebben kimondhatóvá. Így alakult ki a "Szovát" elnevezés.

Az ősi lakosokat a honfoglaló magyarok beolvasztották. Az bizonyos, hogy Szovát a tatárjárás előtt a kolosi várispánsághoz volt rendelve. Az Árpád-kori Bihar és Szabolcs vármegyék határán azért kaptak a kolosi várispánságok várbirtokokat, hogy ezek őrizzék a szalacsi sótároló helytől Szolnokig vezető út itteni biztonságát. Szovát is érintve volt, amit a Derecskéről Kabára vezető, Szovát határát érintő, máig is meglévő Sóút is valószínűsít.

Az 1241-1242-es tatárjárás Szovátot sem kímélte meg. Keserűegyházzal együtt porig égett. A menekülni tudó lakosság a Kösely folyó által körülzárt Nádas-szigeten húzódott meg. A vidéket a tatárok nagymértékben elpusztították. Az élni akarásnak köszönhetően a megmenekült lakosság két emberöltővel később ugyanazon a helyen újjáépítette a falut. Ezt az is bizonyítja, hogy az 1332-1337. évi pápai tizedjegyzékben Szovát, mint egyházas falu szerepelt. Ez az első biztos írásos adat Szovátról, mely ekkor még Szabolcs vármegye része volt.

1349-től pestis tizedelte a lakosságot, a betegség 1381-1382-ben érte el tetőfokát. Ennek köszönhetően a szomszédos Keserűegyház lakatlanná vált. Az elpusztult falu egy részét Kabához, a másikat Szoboszlóhoz, a harmadikat - Boldogasszony telki puszta néven - Szováthoz csatolták.

A XVI. században Bajom várának tartozéka volt. Az 1552-ben készült összeírásban, mint 121 jobbágytelekből álló község szerepelt, lélekszáma 700-800 lehetett. Ennek a számbeli gyarapodásnak vetett gátat a török veszedelem. Az első török támadás 1552-ben érte el Szabolcs megyét. A megye déli része, melybe Szovát is beletartozott, ettől kezdve kisebb megszakításokkal, török hódoltsági terület lett. A legnagyobb csapás éve 1594 volt, amikor Huszt felől a törökök utasítására tízezer tatár tört be Szabolcs megyébe, ahol 106 települést, köztük Szovátot is, feldúlták és felperzselték. Az 1596-os összeírások az elpusztult községeket, köztük Szovátot, lakatlanságuk miatt nem is említik. Valószínű azonban, hogy csekély számmal sikerült a Kösely nádasaiban a megmenekülteknek búvóhelyet találniuk.

A község hamar újjáépült. Ezt bizonyítja, hogy 1613-ban Báthory Gábor erdélyi fejedelem Szovát adó- és dézsmajövedelmét Lónyai Farkasnak adományozta. Tehát az újjáépülést követően Szovát felett az erdélyi fejedelmek rendelkeztek. Az új falu a régi Szováttól ÉNy-ra, a Kösely nádasaival körülvett szigetszerű területen települt, ahol a folyó nagy kanyarulata, ártere és széles nádasa jó védelmet adott. A lakosság kiépítette védelmi rendszerét is: templomvárat épített, amely a mai templom helyén állt.

Zálogszerződések és örökszerződések kötése által később Debrecen lett Szovát földesura. A debreceni uradalom részeként a falu lassan, de újra fejlődésnek indult. Ez a fejlődés sem tarthatott sokáig, hiszen Szovát ismét a pusztítás helyszíne lett. A XVII. század közepén újabb tatár támadások érték, ezúttal Erdély felől. A talpraállás bizonyítható jele, hogy míg a támadások idején - és azt követően hosszú időn át - csupán 54 jobbágytelek volt Szováton, addig 1760-ban már 146 telket számoltak. A népszaporodást az idegen betelepülők magas száma is magyarázza.

A jobbágyfelszabadítást követően Szovát életében a következő fontos történelmi esemény az 1848/1849-es szabadságharc volt. Kossuth toborzására 70 szováti lakos jelentkezett és vett részt a szabadságharcban. A harcok után, sőt, a megtorlások idején és a kiegyezés után is tovább élt a szovátiakban a forradalom szelleme. Emlékére hozták létre 1898-ban a 48-as Emlékkertet.

Szovát 1876-ban Szabolcs megyéből Hajdú megyébe került át, ezért 1898-ban a községi elöljáróság kérésére megkapta a Hajdúszovát nevet, noha hajdúkiváltsága soha nem volt.

Az I. világháborúban kb. 900 szováti katona vett részt, közülük 198 hősi halált halt, akiknek az emlékét az 1924-ben készített szobor őrzi. A háború után Hajdúszováton is megalakították a Néptanácsot, amely a hatalom birtokosa volt, és csatlakoztak a Magyar Nemzeti Tanácshoz.

Hajdúszovát a II. világháborúban is kivette a részét. 1939 márciusában százával érkeztek a behívók a tartalékosok számára. Az áldozatok emlékét az 1990-ben állított emlékoszlop őrzi. A háború után hozzákezdtek az újjáépítő munkálatokhoz. 1945-ben megalakult a Nemzeti Bizottság. Minden közigazgatási, vagyonjogi, beszolgáltatási és iskolai kérdés a Nemzeti Bizottságon keresztül nyert elintézést. Ezzel egyidőben alakult meg a helyi néprendőrség is. 1948-tól sorra alakultak a termelőszövetkezetek. 1950-ben a tanács rendszer kiépítésének érdekében a 254/1950. (X. 21.) számú Minisztertanácsi rendelet a községi tanácsok megválasztásáról intézkedett. A községi tanácsok a felsőbb állami szerveknek, a felettes helyi tanácsoknak és a Minisztertanácsnak lettek alárendelt szervei. 1950. októberében Hajdú-Bihar megye hét járásában alakultak meg az önálló községi tanácsok. Hajdúszovát a Derecskei járás része lett. 1978-1990 között Hajdúszoboszló városhoz tartozott, városkörnyéki községként.

1990-ben Hajdúszovát politikai életében jelentős változás történt. Megszűnt a községi tanács. Ma Hajdúszovát önálló önkormányzattal rendelkező települése a megyének. Közigazgatási beosztás szerinti rangja: község.